Malgré l'opposition des moines, le roi François 1er désigne Jean le Veneur comme abbé commendataire. Celui-ci ne se rendit jamais au Mont. Pourtant, assumant des responsabilités, c'est sous sa prélature que furent construites la porte de l'avancée et la tour Gabriel. Ces constructions, uniquement élevées dans un but militaire, n'encouragèrent pas les moines à faire le service de Dieu décemment et leur relâchement commença à se faire sentir. Malgré cela, les pèlerins continuèrent d'affluer au sanctuaire, alors comment expliquer ce relâchement des moines si ce n'est par le fait que leur guide spirituel, leur abbé, brille par son absence. De 1524 à 1570, trois abbés commendataires se succèdent à la tête de l'abbaye. Tous trois ne profiteront de cette charge que comme d'une source de revenus supplémentaires. A partir de 1570, c'est Arthur de Cossé-Brissac qui obtient du roi la charge abbatiale. La guerre de religion ravage le royaume peu de temps après son accesion à cette charge. Pour soutenir l'effort de guerre, le roi Charles IX lève une taxe sur toutes les églises de son territoire. L'abbé, craignant de perdre une partie de ses revenus décide de vendre, sans consulter les moines, les plus belles pièces du trésor de l'abbaye. Les moines, s'ils nétaient plus très attentifs au service de Dieu, n'avaient pas perdu pour autant tout sens des valeurs spirituelles et s'opposèrent vivement à l'abbé qui finalement renonça.
Son successeur, François de Joyeuse, dans un souci constant d'économie personelle, ramena le nombre de moines de vingt six à treize. Cependant, la guerre se rapproche du Mont et en 1591, les protestants ayant mis au point un fameux stratagème, tentent de prendre l'abbaye. Sous de les ordres de Gabriel de Montgomery, profitant d'un épais brouillard, un groupe d'hommes venant de Courtils se présente au pied de l'abbaye. Là, pensant obtenir l'aide d'un soldat ennemi soudoyé quelques jours auparavant, ils attendent que celui-ci les hisse à l'intérieur de l'édifice. Et, de fait, les protestants se retrouvent bientôt à plus de quatre vingt dans le monastère. Cependant, Montgomery étonné de n'entendre aucun bruit de bataille finit par demander que lui soit lancé un moine par l'une des fenêtre de l'abbaye. Ce qui fut chose faite, mais, doutant encore, il ordonna à l'un de ses plus fidèle soldats de monter. Celui-ci, arrivé dans le cellier, ne voyant aucun de ses hommes s'écria pour avertir son chef : "Trahison ! Trahison !". Entendant cela les Huguenots prirent la fuite en laissant derrière eux quatre vingt dix huit des leurs.
Si les moines et les soldats du Mont Saint Michel parviennent à se défendre des attaques de leurs ennemis, en revanche, ils ne peuvent rien contre les forces de la nature. En mai 1594, la foudre tombe une nouvelle fois sur le clocher de l'abbaye. La flèche est totalement détruite et une partie de la charpente est réduite en cendres. François de Joyeuse, abbé commendataire, peu désireux de voir une partie de ses biens engloutis dans les réparations de ces dommages, refuse de payer les travaux, les religieux décident alors d'intenter un procès à leur abbé. Ils gagnent le procès. En 1609, le clocher est reconstruit et les cloches fondues lors de l'incendie sont remplacées par de nouvelles. Le Mont connut dans les années qui suivirent quelques incidentss mais ceux-ci, étant plus anecdotiques qu'historiques ne méritent pas d'être relatés.
1622 est l'année d'un grand bouleversement au Mont Saint Michel. L'absence quasi perpétuelle des abbés, les pèlerinages moins nombreux sont à l'origine du relâchement spirituel des moines. Une importante réforme s'impose. Les moines vont être remplacés par neuf Bénédictins de la Congrégation de Saint-Maur. Ces religieux, fort pieux et extrêmement culti-

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